ઈરાનના પરમાણું ઠેકાણા પર હુમલો કરવા માટે અમેરિકાએ પોતાના સૌથી એડવાન્સ અને વિશ્વાસપાત્ર બૉમ્બર B-2નો ઉપયોગ કર્યો હતો. આ બૉમ્બર એટલું સટીક અને આધુનિક છે કે, જમીનના અનેક ફૂટ નીચે સ્થિત બંકર હોય તો પણ તેને તબાહ કરી શકે છે અને તેને રડાર પર પકડવું લગભગ અશક્ય છે.  પરંતુ, ઈરાન પર હુમલા બાદ અમેરિકાએ અમુક B-2 બૉમ્બર રહસ્યમયી રીતે ગુમ થઈ ગયા છે. એક રિપોર્ટમાં દાવો કરવામાં આવ્યો છે કે, ઈરાન પર હુમલા પહેલાં અમેરિકાએ ષડયંત્ર કર્યું હતું, તેણે B-2 બૉમ્બર્સને બે અલગ-અલગ જૂથમાં વહેંચી દીધા હતા.  અમેરિકાએ B-2 બૉમ્બર્સના એક ગ્રુપને પ્રશાંત મહાસાગરની ઉપર પશ્ચિમ તરફ રવાના કર્યા હતા. આ ફક્ત ઈરાનને ગુમરાહ કરવા માટે કરવામાં આવ્યું હતું, જેનાથી તેનો અસલી પ્લાન સામે ન આવે. તેમ છતા બીજા B-2 બૉમ્બર્સ ગ્રુપે ઈરાનમાં ફોર્ડો અને નતાંજના પરમાણુ ઠેકાણા પર હુમલા માટે પૂર્વની તરફ મોકલ્યા હતા. પરંતુ, હવે દાવો કરવામાં આવી રહ્યો છે કે, પશ્ચિમી તરફથી ઉડાન ભરનારા B-2 બૉમ્બર્સનું ગ્રુપ ફરી બેઝ પર પરત નથી ફર્યું. ઈરાન પર હુમલો કરનારૂ એક જૂથ એટેક બાદ 37 કલાક સતત ઉડીને બેઝ પર પરત ફર્યું છે. એવામાં પશ્ચિમી બાજુથી ઉડાન ભરનારા વિમાનોનું સુરક્ષિત હોવા પર શંકા પેદા થાય છે.  મીડિયા અહેવાલોમાં એવો પણ દાવો કરવામાં આવી રહ્યો છે કે, આ B-2 બૉમ્બર્સમાંથી એકની હવામાં ઈમરજન્સી લેન્ડિંગ કરાવવું પડ્યું હતું. તેનો એક વીડિયો પણ સામે આવ્યો છે, જેમાં B-2 બૉમ્બર રનવે પર સાઇડમાં ઊભું જોવા મળે છે. જોકે, આ વીડિયોની પુષ્ટિ થઈ શકી નથી અને ન તો અમેરિકા તરફથી આ વિશે કોઈ માહિતી આપવામાં આવી છે. આ પહેલાં પણ B-2 બૉમ્બર્સની અનેકવાર ઈમરજન્સી લેન્ડિંગ કરાવવું પડ્યું હતું. 2008માં પણ B-2 દુર્ઘટનાનો શિકાર પણ થયું હતું.